选择性缄默症
在选择性缄默症中，早期发育通常没有被干扰。儿童通常能在一些背景和环境下表现出恰当的交流技能。
即使在儿童缄默的场所，社交的交互性也未受损，也没有受限的或重复的行为模式。
语言障碍与社交语用障碍
在一些形式的语言障碍中，可能存在交流问题和一些继发的社交困难。然而，特定的语言障碍通常与异常的非言语交流无关，也没有受限的、重复的行为、兴趣或活动模式。
当个体显示出社交交流和社交互动的损害但未显示出受限的和重复的行为或兴趣时，可能符合社交(语用)交流障碍的诊断标准，而不是孤独症谱系障碍。
当符合孤独症谱系障碍的诊断标准时，自闭症/孤独症谱系障碍的诊断可以取代社交(语用)交流障碍的诊断，同时关于既往或目前的受限/重复的行为模式应该仔细询问。
不伴有自闭症谱系障碍的智力障碍
在非常年幼的儿童中，鉴别出孤独症谱系障碍和不伴有孤独症谱系障碍的智力障碍是困难的。
如果有智力障碍的个体没有发展出语言或符号语言的技能，就对鉴别诊断提出了挑战，因为重复的行为经常出现在这样的个体中。
在有智力障碍的个体中当社交交流和互动相对于个体非言语技能(如精细运动能力、非言语问题的解决能力)的发育水平显著受损时，诊断孤独症谱系障碍是恰当的。
作为对比，当社交交流技能和其他智力技能的水平没有显著差异时，诊断智力障碍更为恰当。
刻板运动障碍
运动的刻板性是自闭症谱系障碍的诊断特征之一，当这样的重复行为可以更好地用自闭症谱系障碍解释时，不需要再额外给予刻板重复运动障碍的诊断。
然而当刻板动作引起自我伤害和成为治疗焦点时，可以给予两种诊断。
